城市公园

iMeta：中科院团队揭示城市公园微生物迁移对生物多样性和生态功能的影响

公园是微型真核生物的家园，微型真核生物包含广泛的形态多样、遗传多样和功能多样的类群，是微食物网中的重要营养级，对生态系统功能至关重要。本研究发现城市公园不同类型生境中有高度多样化、但有差异的微型真核生物群落。 不同生境之间存在广泛的微生物迁移，这种微生物迁移有利于维持生物多样性和群落生态功能。

微生物生物关联

iMeta：褚海燕团队开发量化微生物群落水平生物关联的方法

中科院褚海燕团队近期在iMeta发表研究，开发了一个 R包（qcmi）来识别微生物生态网络中假定的生物关联，并将其量化。该 R包基于一系列常见且先进的微生物生态学分析方法，设计成便于使用、应用灵活的分析流程。该方法包括以下四个步骤：构建生态网络、分配构建过程、量化生物关联以及评估生态后果。R包和使用说明见。本研究为探讨微生物在不同生境间的潜在生物关联提供了一条新途径，有助于我们更好地了解多变世界中复杂微生物群落的动态。

微生物生态学

胡脊梁等Science：预测复杂微生物群落的动态变化

复杂群落的生物多样性和动力学变化，能否通过简单的群落参数来预测？这是生态学研究中的一个重要问题。Science最新发表来自麻省理工大学Jeff Gore团队、胡脊梁博士作为第一作者的研究，结合理论模型和合成微生物群落实验，对这一问题进行了回答，表明基于群落物种多样性和物种间互作强度这两个参数，足以预测复杂微生物群落的动力学变化。该研究提出的框架将理论生态学的2个主要观点整合在一起：生态网络的复杂性导致其失去稳定性，同时，生态系统随时间的震荡有助于维持其物种多样性。这些发现对于理解和研究肠道菌群和土壤菌群等微生态系统的稳定性、多样性和动力学具有重要参考价值。

微生物组管理

Nature子刊：如何进行微生物组管理（观点）

全球生物多样性丧失和物种大规模灭绝严重威胁到人类的生存和发展。以微生物组为中心的干预措施，如益生菌和微生物移植，正在成为逆转生物多样性恶化、增强生态系统复原力的有效手段。Nature Microbiology最新发表的观点性文章，提出了“微生物组管理”（Microbiome stewardship）的概念，强调通过监测和适当控制微生物组，可更有效管理和维护生态系统的多样性，并以益生菌为切入点，指出了效益评估、风险评估、监管策略和循证框架在微生物组管理中的重要性。

关键菌群

中科院南京土壤所揭示关键菌群的多样性决定作物产量

长期施肥背景下土壤生物多样性在调控作物产量方面的机制尚未清楚，这限制了我们在全球变化背景下通过土壤生物多样性的变化来评估作物生产和土壤健康，本研究中，作者将多营养级生态网络和土壤微食物网理论相结合，借助35年长期施肥试验平台，研究土壤生物多样性尤其关键微生物菌群的多样性对土壤功能潜力和小麦产量的影响。该研究揭示了长期施肥背景下关键微生物菌群多样性在维持土壤功能和作物产量方面的重要作用，并且找出了与作物产量和土壤养分循环密切相关的多营养级微生物集群，为粮食生产的可持续性发展提供科学指导。

肝癌

Cell子刊：肝癌细胞如何重塑肿瘤微环境（海外华人团队）

癌症是一个进化过程的结果，在外部压力（如肿瘤微环境（TME））的作用下，确定性的肿瘤特征被优先选择以适应生存，同时也引入某些随机特征。因此，复杂的癌症基因组学和TME在各类组织或单个肿瘤中被认为是恶性实体肿瘤的常见现象。这些特点造成了分子层面的难题，即如何定义有效的分子靶向治疗。因此，了解癌症基因组的多样性，特别是瘤内异质性（ITH），有助于改善治疗失败、耐药性等最终致命的困境。来自美国国家癌症研究所的Xin Wei Wang团队近日在Cancer Cell杂志发表的文章探究了肝癌细胞如何驱动肿瘤微环境的重编程。该研究结果有助于了解肝癌的不同生态系统及其对患者预后的影响。

根际

FPS：土地利用密度对鸭茅相关菌群的影响

植物及土壤相关菌群研究，特别推荐。

生物多样性

Gut：一文彻底读懂菌群研究带给营养科学的革命！（必读综述）

这是Gut发出的关于菌群研究和营养科学的重要综述，这样的文献，很值得精读，必有收获！搞营养学研究的朋友，菌群相关研究机会并未高爆发，还有很大空间和机会，一定别错过！

生物多样性

ISME：菌群多样性越高，改善群落生产力的细菌越给力！

这是研究驱动菌落生产力的关键性菌种的论文，特别推荐。

微生态学

SR：仅不到1%已被研究人体微生物群落满足中性理论

中性理论认为：大部分对种群的遗传结构与进化有贡献的分子突变在自然选择的意义上都是中性或近中性的，因而自然选择对这些突变并不起作用，然而利用现有人体微生物组数据来检验中性理论，只发现不到1%的微生物群落满足中性理论。关于生态学的文章，感兴趣的人建议好好看看。

生物多样性

Nature综述：真菌的生物多样性，超乎想象！

真菌的生物多样性，有什么特点，可以从哪些维度评估？Nature Reviews Microbiology这篇综述阐述得很清楚，推荐阅读。

生物地理学

西北农林科技大学团队：石油污染土壤微生物群落构建与生物多样性研究

此文文章思路清楚、图表美观，发表不到两年引用24次(超杂志平均引用2倍)，更被众多同行选为经典学习材料示范和解读。在本研究中，作者利用高通量测序技术探索石油污染土壤中微生物群落结构，分析环境因子和地理距离对微生物分布的影响。通过研究石油污染地区的微生物群落组成、土壤环境因子与微生物群落之间的关系、地理距离对微生物群落的影响、响应石油污染物的微生物的共发生模式等内容，揭示长期石油污染地区，土壤微生物的生物地理分布模式和生物多样性，为生态系统修复和环境治理提供有价值的线索。

丛枝菌根真菌

EL：固氮能力主要取决于物种分类而不是土壤养分

对于固氮长期存在的观点是其取决于土壤养分(氮、磷或钼)的含量的多少，本研究通过一系列实验得出，固氮作用在固氮物种之间也可能不同，物种类别是固氮的主要决定因素，而土壤养分对固定没有或只有有限的影响，固氮是由生物群落的生物多样性、进化史和物种特异性特征决定的。并表明一些可能决定物种之间的固定差异的关键特征：生长速度，树冠高度和对干扰的内在反应能力，最终并证明了分类学上的差异——以及由此延伸的生物多样性——对于理解热带森林冠层高度树木之间的固定关系很重要。与我们的常规认识相反，值得思考。