有关基因工程改造的生物产品的生物安全性问题的争论由来已久，就像核技术开始发展时一样，有人坚决反对，也有人认为只要使用得当就能为人类造福。

基因工程改造过的生物及产品基本都是安全的，这当然与各国来自政府制定相关法规以及各国科学家的共同努力分不开。以农业上应用的基因工程为例，迄今为止，只发现一例有明显的副作用，即巴西坚果中有一种基因，它制造一种称为清蛋白的蛋白质，科学家们把这种基因转到农作物中以期提高农产品中的蛋白质含量从而提高品质。结果发现，蛋白质含360百科量提高了，但有些人对这种新加入的蛋白质过敏，因此，这种基因后来不再用于基因工程。

有的人还担心有些基因工程改造过的生物其危害恐怕不是短时间可看到的，例如在农业上人们已经通过基因工程获得了抗各种除草剂的农作物，这种基因工程农作物种到地里，洒上除草剂，杂草全被杀死，农作物照样茁壮成长，但是有人担心，随着这种基因工程农作物的花粉四散飘飞，与其他的杂草进行授粉，几代以后杂草就有可能抗除草剂，如果这样，杂草就更加难以杀死了。还有在"基因工程"中提到的棉钤虫的毒素蛋白基因，它对人及其他哺乳动物的毒害作盾诉逐协划号进超括用还没有看到，又有谁肯定没有长期效用呢?用含有这种毒素蛋白的棉花织成布，穿在人身上整天在身上蹭来蹭去，是否有害?历史上很多事例说明，有些副作用是人们难以及时发觉的，如DD威翻值解措帮景进果高概T农药、使用四环素造成的四蒸环素牙等。

还有一些反对基因工程的人士主要是由于宗教信仰等其他原因。例如有人信教，认为物种料背审都是上帝创造的，改造物种观降官文钢命和DNA，就是要改变上帝创造的物种，因而坚决反对;有溶晚欢责且翻应口占根充的人是素食主义者，不食荤是他们的一种生活原则，而把动物某种基因转入植物指实布周规正校浓，使它们在食素时"无意"中吃到了"动物蛋白"，这显然违背了他们的原则;还有的人是动物保护主义者，它们认为任意对动物进行基因改造，侵害了动物的"人权"等。